Hàng ngàn năm trước khi cốt truyện của loạt trò chơi bắt đầu, Shinnok, một trong các Vị thần Cổ đại, những người cai quản 6 vương quốc trong thế giới của Mortal Kombat, âm mưu trở thành bá chủ của tất cả. Thần Sấm Raiden đã đánh bại hắn trong một cuộc chiến tranh kéo dài hàng trăm năm, rồi sau đó đày hắn đến Netherealm, nơi hắn sẽ bị giam giữ mãi mãi. Shinnok đã tìm cách trốn thoát Netherealm nhờ sự giúp đỡ của phù thủy Quan Chi, và quyết tâm trả thù những Vị Thần Cổ đại đã trục xuất hắn. Hắn lên kế hoạch thống trị vương quốc Edenia đầu tiên với sự trợ giúp của kẻ phản bội Tanya, đồng thời chuẩn bị tấn công các Vị Thần Cổ đại. Để ngăn chặn mối đe dọa của Shinnok, Raiden nhờ tới sự hỗ trợ của các chiến binh ở Earthrealm, những người đã cứu thoát các vương quốc khỏi tay Hoàng đế Shao Kahn trong các tựa game trước.